После образования СКП России Хатыпова в ведомство не взяли, а позднее он и вовсе скоропостижно уволился по собственному желанию. Дело «Томскнефти» передали в СКП, и там бригаду возглавил ближайший помощник Хатыпова Сергей Чернышов.

Однако в конце сентябре 2008 года Чернышов также подал рапорт об увольнении. По данным «Коммерсанта», поводом для увольнения стала проверка информации, что Чернышов якобы получил €1,5 млн за изменение меры пресечения в отношении одного из обвиняемых по делу «Томскнефти» — гендиректора ГК «Интеллект» Олеси Нацвиной.

Еще один из прикомандированных к следственной группе следователей — Алексей Николаев по распоряжению Дмитрия Довгия был отправлен на родину в Мордовию. Он тоже подозревался во взяточничестве.