Согласно одной из версий причастным к убийству является руководство Чеченской республики, согласно другой – российские власти. По третьей версии, убийство Политковской в день рождения Владимира Путина было провокацией против него и Рамзана Кадырова, согласно четвертой — убийство было выгодно Западу и оппозиции. Наконец, есть версия, что заказчиком убийства был Борис Березовский.

По мнению бывшего руководителя главного следственного управления СКП России Дмитрия Довгия, заказчиком убийства Анны Политковской был Борис Березовский, осуществивший свой замысел с помощью чеченского преступного авторитета Хож-Ахмеда Нухаева (его считают причастным к убийству Пола Хлебникова). По словам Довгия, убийство связано не со статьями Политковской, а с ее личностью.

Однако согласно официальной версии следствия организатором преступной группы являлся один из лидеров лазанской группировки Магомед Димельханов, к которому весной 2006 года поступил заказ на убийство Политковской, поскольку к журналистке имели «серьезные претензии большие люди в Чечне». Выполнение заказа было поручено братьям Махмудовым, которые привлекли к делу рыночного торговца и шофера Ахмеда Исаева. Следственную группу по делу об убийстве Анны Политковской в СКП России возглавлял Петрос Гарибян.