Вскоре его увезли в один из московских СИЗО. Генеральная прокуратура России направила 1 августа 2008 года в Василеостровский суд Санкт-Петербурга первое уголовное дело о рейдерских захватах в 2004−2006 годах предприятий и объектов недвижимости в Санкт-Петербурге организованной группой, которой, по версии следствия, руководил Барсуков. Затем дело было направлено для рассмотрения в Куйбышевский районный суд Санкт-Петербурга.

По данным следствия, в 2005−2006 годах предприниматель Барсуков и его соучастники похитили имущество и доли в уставном капитале компании «Пушкинская», которой принадлежат ресторан «Петербургский уголок» и магазин «Смольнинский». По версии следователей, чтобы законные владельцы коммерческих предприятий не смогли вернуть похищенное, участники группы заключили ряд фиктивных сделок купли-продажи, а затем перерегистрировали право собственности на доли в уставных капиталах этих предприятий на подконтрольных им лиц. Всего, по данным следствия, только за два года Барсуков захватил 13 предприятий столицы, причинив ущерб в размере 5 млрд рублей.

Владимиру Барсукову предъявлено обвинение в организации преступного сообщества, вымогательстве, мошенничестве и легализации средств, полученных преступным путем. Кроме того, предприниматель обвиняется в вымогательстве в крупном размере, в убийстве своего бывшего коллеги Георгия Позднякова, а также в покушении на совладельца петербургского нефтяного терминала Сергея Васильева в 2006 году в Санкт-Петербурге. Тогда в результате обстрела из автоматического оружия один из охранников предпринимателя был убит, а сам бизнесмен получил тяжелейшие ранения. По этим пунктам предварительное следствие завершено, Барсуков знакомится с материалами дела.