Его задержали в ноябре 2007 года, через неделю предъявили обвинение в «покушении на хищение путем мошенничества, организованном группой лиц». Сумма, которая проходила как похищенная в рамках дела, составляла $43 млн. Вместе с Сергеем Сторчаком в СИЗО сидели председатель совета директоров Межрегионального инвестиционного банка Вадим Волков и генеральный директор компании «Содэксим» Виктор Захаров. Четвертым соучастником проходил член совета директоров Межрегионального инвестиционного банка Игорь Кругляков. Его судили отдельно из-за состояния здоровья. В итоге, осенью 2008 года Игоря Круглякова формально освободили из-под стражи под подписку о невыезде.

Следователи утверждали, что задержанные хотели похитить $43 млн, объявив ее расходами на урегулирование долга Алжира перед Россией.

Сергей Сторчак объяснял, что «Содэксим» и другие компании получили право распространять алжирские товары в России, африканская страна должна была поставить их в счет долга. «Содэксим» перечислил порядка $24 млн в бюджет в качестве гарантии. Потом алжирский долг был списан и компания потребовала вернуть сумму с процентами.

Замминистра вышел из СИЗО 21 октября 2008 года. Все время, что он провел в заключении, за ним числилось место заместителя министра финансов, и он собирался вернуться к работе. Сейчас Сергей Сторчак находится в отпуске. В Минфине сказали, что он «выходил на работу».